מטרת הטיפול הפיזיותרפי במערכת החינוך היא לאפשר לתלמיד למצות את יכולותיו, להשתלב במסגרת החינוכית, להשתתף בפעילויות לימודיות וחברתיות, ולתפקד באופן בטוח ועצמאי ככל האפשר

הפיזיותרפיסט אחראי על איתור תלמידים הזקוקים לטיפול, ביצוע הערכה מקצועית, בניית תכנית התערבות מותאמת, התאמת ניידות והנגשת הסביבה, וכן הדרכה וליווי של התלמיד, משפחתו והצוות החינוכי-טיפולי

ההתערבות כוללת קידום התפתחות מוטורית, שיפור יציבה, חיזוק שרירים, התאמת אמצעי עזר וישיבה מותאמת, הדרכה להשתתפות בשיעורי חינוך גופני ובפעילויות פנאי, וקידום עצמאות בתפקודי יום-יום

יעילות הטיפול נבחנת באמצעות שיפור במדדים תפקודיים, כגון הליכה, ישיבה, מעברים וניידות, לצד מדדים קליניים כגון טווחי תנועה, כוח שריר, יציבה, כאב ונשימה